Yen Sid met Sora et Riku à l'épreuve à travers un test nommé l'examen du symbole de maîtrise dans le but de devenir des Maîtres de la Keyblade à part entière et de se préparer au retour de Xehanort. Dans le cadre de l'examen, Sora et Riku sont séparés et sont envoyés dans des mondes précédemment détruits par les Sans-Cœurs, qui ont depuis été restauré. Mais ces mondes sont plongés dans un état de "sommeil profond" qui les déconnectent des autres mondes. Ces mondes sont sous la menace des Avales-Rêves, créatures nées de l'obscurité (autrement dit les créatures qui remplacent les Sans-Cœurs dans cet opus) . Leur mission est de réveiller les mondes endormis en déverrouillant la serrure de chacun des sept mondes.
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