
L'histoire tourne autour d'une partie du Journal de Jiminy Cricket. A la suite des évènements de Kingdom Hearts II, Jiminy retourne au Château Disney. Tout le long du chemin, il lit son journal, et une seule page attire son attention. Celle-ci contient un mystérieux message: "Nous devons revenir, pour soigner leurs blessures." Malgré tous ses efforts, il ne parvient pas à se rappeler ce à quoi se réfère cette page. Le Roi transcrit le Journal de Jiminy sous forme de données, et commença son investigation. Dans un monde tracé par les souvenirs de Jiminy, un garçon se réveille sur l'Île du Destin. Ainsi commence la nouvelle aventure de Sora dans le monde virtuel.