Les trois principaux personnages sont Sora, Donald et Dingo. Cependant, dans la plupart des mondes, le joueur peut choisir d'intégrer dans son équipe le héros en rapport avec ce monde (Tarzan à la Jungle profonde, Aladdin à Agrabah, Ariel à Atlantica, Jack à la ville d'Halloween et Peter Pan au Pays Imaginaire). Cela se fera néanmoins au détriment de Donald ou Dingo, l'équipe ne pouvant comporter que trois personnages au maximum et Sora étant obligatoire dans l'équipe.
Pendant les combats, le joueur ne dirige que Sora, les deux alliés étant contrôlés par l'ordinateur. Le joueur peut influer sur leur comportement, et ainsi définir une tactique générale (comme la fréquence d'utilisation des sorts, compétences et objets). Les combats sont en temps réel, les déplacements et actions de Sora sont donc directement contrôlées par le joueur.
Le système d'évolution des personnages est basé sur l'obtention de points d'expérience, acquis en vainquant les différents ennemis. Au fur et à mesure que la quantité d'expérience obtenue évolue, le niveau des personnages augmente. À chaque changement de niveau, les caractéristiques des personnages (Points de Vie, Attaque, Défense…) s'améliorent selon un schéma prédéfini par le joueur en début de partie. Elles peuvent aussi être augmentées par l'équipement trouvé lors de l'exploration des mondes, ou acheté dans les boutiques de la Ville de Traverse. À certains niveaux, les personnages apprennent de nouvelles compétences utilisables en combat en les activant au préalable. Au cours de son périple, le joueur obtiendra également des sorts magiques utilisables par Donald et Sora, ainsi que des invocations utilisables par Sora.
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