L'histoire de Naruto Shippuden se déroule deux ans et demie après le départ de Naruto à Konoha. On y retrouve tout les personnages plus murs et plus âgés.
L'intrigue tourne autour des aventures de Naruto et Sakura à la recherches de Sasuke, parti de Konoha pour acquérir de nouveaux pouvoirs, mais on y découvre aussi les objectifs de l'Akatsuki.
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