Le village de ninja de Konoha est le village d'origine du Quatrième Maître Hokage, ninja légendaire pour avoir vaincu le Démon-Renard à neuf queues en y laissant la vie. Pourtant Naruto un jeune énergumène n'hésite pas à couvrir de peinture son portrait taillé dans la roche tentant ainsi d'obtenir la reconnaissance des habitants du village. Seulement tout le monde semble détester ce jeune orphelin qui passe son temps à faire le pître et qui est un cancre en cours. Echouant pour la troisième fois à l'examen de ninja, Naruto se révèle prêt à tout pour obtenir son diplôme, même à suivre les étranges conseils du professeur Mizuki...

Dans le village de Konoha vie Naruto, un jeune garçon détesté et craint des villageois. Il est craint du faite qu'il détient en lui Kyuubi (démon renard à neuf queue) d'une incroyable force, qui a tué un grand nombre de personne. Le ninja le plus puissant de Konoha à l'époque, le quatrième Hokage, Yondaime réussit à sceller ce démon dans le corps de Naruto. Malheureusement il y laissa la vie. C'est ainsi que douze ans plus tard, Naruto rêve de devenir le plus grand Hokage de Konoha afin que tous le reconnaissent. Mais la route pour devenir Hokage est très longue et Naruto doit remplir un bon nombre d'épreuves et affronter de nombreux ennemis pour atteindre son but !
L'histoire de Naruto Shippuden se déroule deux ans et demie après le départ de Naruto à Konoha. On y retrouve tout les personnages plus murs et plus âgés. L'intrigue tourne autour des aventures de Naruto et Sakura à la recherches de Sasuke, parti de Konoha pour acquérir de nouveaux pouvoirs, mais on y découvre aussi les objectifs de l'Akatsuki.