
Sora, Donald et Dingo viennent d'affronter Ansem et partent à la recherche de Riku et du Roi Mickey, qui étaient restés enfermés dans le domaine des ténèbres. Au milieu d'une immense plaine, où il se reposait avec ses amis, Sora est surpris par un individu capuchonné qui l'invite à le suivre. Il pénètre dans un étrange château, le Manoir Oblivion, rejoint par Dingo et Donald . Certains d'y retrouver leurs compagnons, les trois amis décident alors d'explorer les lieux. Mais, au fur et à mesure qu'ils avancent, leurs souvenirs semblent s'effacer, confrontés également à de terribles adversaires, regroupés sous le nom de l'Organisation XIII.