
Sora,Donald et Dingo cherchaient Riku et le Roi Mickey depuis déjà un certain temps lorsque Sora rencontre un homme vêtu d'un manteau noir, qui les guida vers un lieu appelé "Manoir Oblivion". Là, l'homme leur remit une carte qu'il affirmait être constituée des souvenirs de Sora.
Sora et ses amis partirent à la découvrirent des mondes de cette carte, ou ils découvrirent d'autres cartes similaires.
L'homme au manteau noir était un membre de l'Organisation et se nommait Marluxia. Il manipulait manipulait les souvenirs de Sora grâce aux pouvoirs d'une jeune fille prénommée Naminé,afin de s'approprier le pouvoir de la Keyblade .
L'Organisation contrôlait les simili, ces êtres qui naissent lorsque le cœur d'une personne a été dérobé et qu'il ne lui reste plus qu'un corps et une âme.
Alors que Sora avançait dans le château, Naminé prit peu à peu la place de Kairi dans ses souvenirs. Il dut affronter la forme ténébreuse de Riku,qui affirmait devoir protéger Naminé. Sora triompha et Riku disparut.
Sora terrassa chacun des membres de l'Organisation qu'il rencontra. L'un d'entre eux, Axel,était un peu différent des autres. Était-il un allié ou un ennemi? Sora ne pouvait le dire. Il apprit bientôt que le "Riku"qu'il avait affronté n'était qu'une réplique créée par l'Organisation.
Avec l'aide de Néo Riku,Sora parvint à éliminer Marluxia. Naminé avoua à Sora ce qu'elle avait fait, mais celui-ci ne lui en voulut pas.
Naminé fit une proposition à Sora : il pouvait retrouver ses souvenirs, mais n'en garder aucun du château, ou conserver sa mémoire telle qu'elle était actuellement. Sora,qui avait choisi de récupérer ses anciens souvenirs, accepta d'être plongé dans un profond sommeil, qui devait durer jusqu'à et qu'ils se reverraient.
Pendant ce temps, Riku avait trouvé un moyen de sortir de Kingdom Hearts. Guidé par une mystérieuse voix, il se rendit au Manoir Oblivion. Quand il comprit que la voix était celle d'Ansem, Riku pénétra dans le manoir et affronta Ansem et les ténèbres qui l'habitaient.
L'Organisation décida de profiter de cette opportunité. Alors qu'il affrontait un membre de l'Organisation appelé Lexaeus, Riku se vit contraint de faire appel aux ténèbres qui étaient en lui, et y succomba. Mais il entendit la voix lointaine du Roi Mickey l'appeler. Riku comprit alors que Mickey était à ses côtés, et trouva le courage de continuer son chemin dans le château.
Le pouvoir des ténèbres était tel que Riku ne put résister à l'appel d'Ansem. Mais cette fois, le Roi Mickey vint en personne à son secours. Il confia à Riku une carte spéciale, à l'intérieur de laquelle celui-ci découvrit que "l'Ansem" qu'il avait affronté était en fait un homme prénommé DiZ. Ce dernier demanda à Riku de trouver Naminé,puis disparut. Avant de pouvoir retrouver Naminé,Riku dut faire face à Néo Riku. Il le terrassa et la réplique disparut.
Naminé proposa à Riku d'enfouir ses souvenirs d'Ansem,mais Riku savait qu'il devait affronter lui-même les ténèbres qui habitaient son cœur.Il vainquit Ansem et quitta le Manoir Oblivion aux côtés de Mickey.
IL avait décidé de vivre avec la lumière et les ténèbres et de suivre la voie menant à l'aube.