Cet épisode sur portable ne se sert pratiquement pas du stylet, ce dernier ne servant qu'à orienter la caméra (pas obligatoire). Le jeu est assez énergique et reprend bien les bases de ses aînés sur console de salon, si ce n'est le système des panneaux. En effet, après chaque mission, le joueur débloque une « case libre » qu'il peut remplir par un sort, un objet, des armes ou encore une case le faisant monter de niveau.
Le jeu est découpé en différents jours, durant lesquelles Roxas doit accomplir des missions pour l'Organisation. Durant celles-ci, une jauge se remplit au fur et à mesure que le joueur atteint son objectif. Il arrive que le joueur puisse RÀC (« Rentrer À la Citadelle ») avant même que l'objectif soit atteint à 100 % ; si le joueur réussit à remplir entièrement sa jauge, il recevra des objets bonus. À son retour, des primes ainsi que les différents objets ramassés par Roxas lui sont attribués.
Tout comme les précédents volets de la série, le jeu est un action-RPG.