
Dans le jeu, trois personnages peuvent être incarnés au choix : Roxas, Xion ou Axel. Le but est de remplir la mission, qui vous est donnée : voyager de monde en monde pour vaincre des Sans-cœur, dans une partie de Bejewled, stylisée pour coller à l'univers de Kingdom Hearts. Cinq mondes sont disponibles : Agrabah, le Pays des Merveilles, le Colisée de l’Olympe, le Château de la Bête et le Pays Imaginaire. Dans chaque monde, cinq Sans-coeur doivent être vaincus; quatre normaux, et un plus fort que les autres, faisant office de Boss.
Une partie se termine lorsque les HP du joueur, ou celui du Sans-coeur adverse atteignent 0. Les HP sont retirés par l'adversaire, en alignant trois blocs d'une même couleur, au minimum. Il existe également des blocs spéciaux, qui permettent de détruire plusieurs blocs d'un seul coup, et donc de causer plus de dégâts. Par ailleurs, il existe également des blocs de magie, comme le bloc de magie Soin, qui permet au joueur de récupérer une partie de ses HP.