Comme, pratiquement, dans toute la série, le personnage principal habitué de tous sera jouable. Il s'agit de Sora, le maître de la Keyblade. Il portera de nouveaux vêtements et aura de nouvelles techniques pour venir à bout de tous ses ennemis. Il ne sera contrôlable qu'après un long moment de jeu.
Le jeu débutera par l'apparition et le contrôle d'un tout nouveau personnage: Roxas. C'est un second maître de la Keyblade. Une fois que le joueur prendra le contrôle de Sora, Roxas ne pourra plus être jouable.
Le Roi Mickey sera non seulement beaucoup plus présent dans cet opus, et en plus il sera un personnage contrôlable ! Lors de certains boss, lorsque Sora meurt, Mickey peut prendre temporairement sa place puis réveiller le maître de la Keyblade un peu plus tard, après avoir bien baissé la vie de ses ennemis.
Le meilleur ami de Sora, Riku sera également jouable dans ce jeu, mais qu'une seule fois, lors du combat contre Xemnas. Dans cet opus, Riku est beaucoup plus au centre du scénario, même si on ne le voit que très peu, au final.
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